Available terminologies/ontologies

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AcronymFull nameVersionPublisherAvailable languagesHierarchy(ies)
MeSH

enThe Medical Subject Headings (MeSH) thesaurus is a controlled and hierarchically-organized vocabulary produced by the National Library of Medicine. It is used for indexing, cataloging, and searching of biomedical and health-related information.
Medical Subject Headings2019NLM (National Library of Medicine)
French version : INSERM ATIH
enfrptitesderucsfizhnopl
CISMeF

enThe CISMeF terminology is based on MeSH thesaurus (French translation realized by INSERM) and contains resources types, metaterms and querying strategies.
Catalogue et Index des Sites Médicaux de langue Française2014D2IM, CHU de Rouen
fren
COVID-19

enThis bilingual thesaurus, developed at Inist-CNRS, covers the concepts from the emerging COVID-19 outbreak which reminds the past SARS coronavirus outbreak and Middle East coronavirus outbreak. This thesaurus is based on the vocabulary used in scientific publications for SARS-CoV-2 and other coronaviruses, like SARS-CoV and MERS-CoV. It provides a support to explore the coronavirus infectious diseases.
COVID-19 thesaurus2021-01-07INIST-CNRS
fren
ALD

frLa liste des Affections de Longue Durée (ALD) présente les affections comportant un traitement prolongé, ainsi qu'une thérapeutique coûteuse, et qui par conséquent peuvent être prises en charge par la Sécurité Sociale.
Liste des affections de longue durée (ALD)Avril 2019ATIH
fr
ART. NUT.

enThis thesaurus is based on the vocabulary used in scientific publications for Artificial nutrition and neighbor fields.
Artificial nutrition2018INIST-CNRS
fren
BHN

frL'activité innovante de biologie et d'anatomo-pathologie réalisée notamment dans les Centres Hospitalo-Universitaires est habituellement appelée "activité hors nomenclature" (BHN pour la biologie hors nomenclature et PHN pour l'anatomo-pathologie hors nomenclature). Ce caractère "hors nomenclature" signifie que l'assurance maladie n'a pas encore intégré ces actes dans la Nomenclature des Actes de Biologie Médicale (NABM) ou la Nomenclature Générale des Actes Professionnels (NGAP).
Biologie Hors Nomenclature3.2APHP
fr
BLOOD TRFS.

enThis thesaurus is based on the vocabulary used in scientific publications dealing with Blood Transfusion and neighbor fields.
Blood transfusion2018INIST-CNRS
fren
BNPC

frLa Base Nationale des Produits et des Compositions (BNPC) met à disposition les informations toxicologiques indispensables aux centres antipoison et aux autorités sanitaires. Elle référence des compositions de produits (médicaments, cosmétiques, produits ménagers et industriels, phytopharmaceutiques, etc.), des substances et des toxiques naturels (animaux, plantes, champignons).
Base Nationale des Produits et des Compositions2016Association des Centres Anti-Poisons
fren
CCAM

frLa CCAM est une nomenclature française destinée à coder les gestes pratiqués par les médecins, gestes techniques dans un premier temps puis, par la suite, les actes intellectuels cliniques. Cette classification sert à établir :
- en médecine libérale et en milieu hospitalier, les honoraires des actes techniques réalisés lors des consultations ;
- dans les cliniques privées, les honoraires pour les interventions réalisées;
- dans les hôpitaux publics et privés, le PMSI et sa tarification des séjours hospitaliers transmis à l'assurance maladie dans le cadre de la T2A.
Le choix des actes de cette nomenclature revient à la Commission d'Évaluation des Actes Professionnels (CEAP) de la Haute Autorité de Santé.
Classification Commune des Actes Médicauxv60ATIH
fr
CSARR

frLe Catalogue Spécifique des Actes de Rééducation et Réadaptation (CSARR) est destiné à décrire et coder l’activité des professionnels concernés dans les établissements de Soins de Suite et de Réadaptation (SSR), dans le cadre des obligations réglementaires du recueil d’informations pour le Programme de Médicalisation des Systèmes d’Information (PMSI) en SSR.
Catalogue Spécifique des Actes de Rééducation et Réadaptation2020ATIH
fr
DHI

enThe classification of digital health interventions (DHIs) categorizes the different ways in which digital and mobile technologies are being used to support health system needs.
Classification of Digital Health Interventions1.0WHO
enfr
DO

enThe Disease Ontology has been developed as a standardized ontology for human disease with the purpose of providing the biomedical community with consistent, reusable and sustainable descriptions of human disease terms, phenotype characteristics and related medical vocabulary disease concepts through collaborative efforts of biomedical researchers.
Disease Ontology2020-09-28Institute for Genome Sciences, Maryland, USA
en
DRC

frLe DRC est l'œuvre collective des médecins de la SFMG. Quatre classes d'états morbides, dénommés "résultats de consultation", sont identifiées selon l'association des éléments sémiologiques : symptôme, syndrome, tableau de maladie et diagnostic certifié. Ces résultats de consultation correspondaient à une fréquence d'au moins 1 cas par médecin et par an. 200 définitions couvraient 95% à 96% de la pratique quotidienne du médecin généraliste. Chaque définition comporte des critères d'inclusion et des compléments sémiologiques, mais aussi les risques d'évolution critique de la situation observée. En consultant la liste des DiC (Diagnostic Critique) et aussi celle des "voir aussi", le praticien pourra s'assurer qu'aucun RC plus caractéristique ne peut correspondre à la situation clinique qu'il a à résoudre.
Dictionnaire des Résultats de Consultation2016SFMG
fr
EFMI

enEuropean Federation for Medical Informatics (EFMI) association provides a multilingual thesaurus of medical informatics to promote data and knowledge sharing between actors of this sector. All terms will be translated into more than 30 languages.
EFMI Medical Informatics Thesaurus2020European Federation for Medical Informatics Association
enfr
FINESS

frLe Fichier National des Établissements Sanitaires et Sociaux (FINESS) est un répertoire national géré par le Ministère des Affaires Sociales et de la Santé. Il constitue la référence en matière d'inventaire des structures et équipements des domaines sanitaire, médico-social, social et de formation aux professions de ces secteurs. Ces données sont accessibles sur un site internet dédié, dans lequel sont également mis à disposition les principales nomenclatures propres au répertoire FINESS.
FINESS2020DREES/DMSI
fr
FMA

enThe Foundational Model of Anatomy Ontology (FMA) is an evolving computer-based knowledge source for biomedical informatics; it is concerned with the representation of classes or types and relationships necessary for the symbolic representation of the phenotypic structure of the human body in a form that is understandable to humans and is also navigable, parseable and interpretable by machine-based systems. Specifically, the FMA is a domain ontology that represents a coherent body of explicit declarative knowledge about human anatomy.
Foundational Model of Anatomy5.0Structural Informatics Group (SIG), Washington U, USA
enfr
GO

enThe Gene Ontology resource provides a computational representation of our current scientific knowledge about the functions of genes (or, more properly, the protein and non-coding RNA molecules produced by genes) from many different organisms, from humans to bacteria. It is widely used to support scientific research, and has been cited in tens of thousands of publications.
Gene Ontology2020-03-23Gene Ontology Consortium
en
OMI

enNCBI Gene integrates information from a wide range of species. A record may include nomenclature, Reference Sequences (RefSeqs), maps, pathways, variations, phenotypes, and links to genome-, phenotype-, and locus-specific resources worldwide.
The mission of UniprotKB is to provide the scientific community with a comprehensive, high-quality and freely accessible resource of protein sequence and functional information.
Genes & Proteins2020NCBI & Uniprot Consortium
en
HGNC

enThe HUGO Gene Nomenclature Committee (HGNC) is a committee of the Human Genome Organisation (HUGO). HGNC is responsible for approving unique symbols and names for human loci, including protein coding genes, ncRNA genes and pseudogenes, to allow unambiguous scientific communication.
HUGO Gene Nomenclature Committee2020-05HGNC Team
en
HPM

enThe European multilingual thesaurus on health promotion is produced by the European Commission and contains around 1200 concepts to cover the key issues of health education, health promotion and patient education in Europe.
European multilingual thesaurus on Health Promotion2007European Commission
enfifrdadeesitnlnoptsv
HPO

enThe Human Phenotype Ontology (HPO) provides a standardized vocabulary of phenotypic abnormalities encountered in human disease. It currently contains over 13,000 terms and over 156,000 annotations to hereditary diseases.
Human Phenotype Ontology2020-08-11The CBB group at the Institute for Medical Genetics and Human Genetics at Charité-Universitätsmedizin Berlin
enfr
ICD-09

enEdited by the World Health Organization (WHO), the International Classification of Diseases (ICD) allows codification of diseases, disorders, injuries and other related health conditions. ICD is used internationally, notably to establish global morbidity and mortality statistics.
The ninth revision (ICD-9) was endorsed in 1975, then replaced by ICD-10 in 1990.
International Classification of Diseases - 9th Revision9WHO
frendeesit
ICD-10

enEdited by the World Health Organization (WHO), the International Classification of Diseases (ICD) allows codification of diseases, disorders, injuries and other related health conditions. ICD is used internationally, notably to establish global morbidity and mortality statistics.
The tenth revision (ICD-10) is constituted of 22 chapters and was endorsed in 1990.
International Classification of Diseases - 10th Revision10WHO/OMS
fren
ICD-11

enEdited by the World Health Organization (WHO), the International Classification of Diseases (ICD) allows codification of diseases, disorders, injuries and other related health conditions. ICD is used internationally, notably to establish global morbidity and mortality statistics.
The eleventh revision (ICD-11) is constituted of 28 chapters and will come into effect in 2022. It introduces traditional medicine (chapter 26) and extension codes (chapter X) for more precise codification. This new version is also conceived to be more appropriate to today's electronic health systems.
International Classification of Diseases - 11th Revision2019/04 (foundation)WHO
enfr
ICD-O

frLa Classification Internationale des Maladies pour l'Oncologie (CIM-O) est une extension de la Classification Internationale des Maladies (CIM) dédiée aux maladies tumorales. Elle est principalement utilisée dans les registres de tumeurs ou du cancer, en vue du codage de la localisation anatomique (topographie) et du type histologique (morphologie) des tumeurs, informations habituellement obtenues à partir de rapports de pathologie.
International Classification of Diseases for OncologyWHO
frenko
ICF

enThe International Classification of Functioning, Disability and Health, known more commonly as ICF, is a classification of health and health-related domains. As the functioning and disability of an individual occurs in a context, ICF also includes a list of environmental factors.
ICF e-learning website: www.icf-elearning.com
International Classification of Functioning, Disability and Health2018 (english) ; 2001WHO
enfrdeesruzhja
ICNP

enThe International Classification for Nursing Practice (ICNP) provides an agreed set of terms that can be used to record the observations and interventions of nurses across the world.
International Classification for Nursing Practice2019ICN
endeitfr
ICPC-2

enThe ICPC-2 is used to classify and encode three elements of general practice or more generally of primary care . These are the reasons for encounter (from the perspective of the patient), the assessments made by the health professional (diagnosed conditions) and care procedures (implemented or planned). Bringing these elements can reconstruct episodes of care, making ICPC fully compatible with the orientation problems of the medical record.
Thanks to Marius Marginean for the Roumanian translation.
Thanks to Mårten Kvist for the Finnish translation.
Thanks to Shinsuke Fujita for the Japanese translation.
Thanks to Zekeriya Akturk for the Turkish translation.
Thanks to Thanh Liem Vo for the Vietnamian translation.
Thanks to Ines Zelić Baričević for the Croatian translation.
Thanks to Gustavo Gusso for the Portuguese translation.
Thanks to Gojimir Zorz for the Slovenian translation.
Thanks to Marc Jamoulle for the French translation and more generally for his implication in the ICPC-2 integration into HeTOP.
International Classification of Primary Care, Second edition2 (5.0)WONCA
frnlitnohuhefiesdetrvijarosvptendasl
IUPAC

frLa nomenclature IUPAC est un système pour nommer les composés chimiques et pour décrire la science de la chimie en général. Elle est développée et mise à jour sous les auspices de Union internationale de chimie pure et appliquée (IUPAC). Le premier objectif d'une nomenclature chimique est d'assurer que la personne qui entend ou qui lit le nom d'un composé chimique soit certaine du composé chimique auquel il réfère : chaque nom doit correspondre à une unique substance. Il est considéré comme moins important d'assurer que chaque substance ait un nom unique, bien que le nombre de noms autorisés soit limité. Dans ce sens, IUPAC a défini et utilise des règles précises de nomenclature de noms et de typographie.
International Union of Pure and Applied Chemistry2.3.3IUPAC
en
Medline+

enMedlinePlus is a service of the National Library of Medicine, for all audiences, providing high-quality, relevant health and wellness information.
MedlinePlus01/2021NLM, US NIH
enesfr
NABM

frLa nomenclature des actes de biologie médicale (NABM) établit la liste des actes susceptibles d'être pris en charge par l'assurance maladie et leur cotation exprimée en lettre-clé B. Cette nomenclature s'impose aux prescripteurs en ce qui concerne le respect des indications qui conditionnent la prise en charge et aux directeurs de laboratoire, notamment en ce qui concerne le respect des obligations techniques particulières et la facturation des actes.
Nomenclature des Actes de Biologie Médicale67ATIH
fr
NCIT

enNCI Thesaurus (NCIt) is the National Cancer Institute's reference terminology and covers vocabulary for clinical care, translational and basic research, and public information and administrative activities. This content is organized in a richly structured description logic environment, with relationships between concepts to help define and connect them.
NCIt also provides reference terminology for other systems like CDISC, FDA, etc., listed here.
National Cancer Institute thesaurus2021-01NCI
enfr
OMIM

enOMIM is a comprehensive, authoritative compendium of human genes and genetic phenotypes that is freely available and updated daily. The full-text, referenced overviews in OMIM contain information on all known mendelian disorders and over 15,000 genes. OMIM focuses on the relationship between phenotype and genotype.
Online Mendelian Inheritance in Man2020-11McKusick-Nathans Institute of Genetic Medicine, Johns Hopkins University
enfr
ORDO

enOrphanet Rare Disease Ontology (ORDO) is a structured vocabulary from the Orphanet database. It gathers concepts of disorders, groups of disorders, genes, and relations between them.
Human Rare Diseases Ontology (HRDO) is created from Orphanet data and provides supplementary entities as clinical signs.
Orphanet Rare Disease Ontology3.1 (Dec 2020)ORPHANET, INSERM
enfrdeesitnlplpt
RadLex

enProduced by the Radiological Society of North America (RSNA), RadLex is a comprehensive set of radiology terms for use in radiology reporting, decision support, data mining, data registries, education and research.
RADLEX4.1RSNA
endefr
SFMUt

frLe thésaurus de la Société Française de Médecine d'Urgence (SFMU) regroupe les pathologies de l'urgence issues de la CIM-10 sous trois différentes parties : médicale, traumatique et intoxication. Ce thésaurus rassemble aussi des actes médicaux (CCAM), circonstances et des motifs de recours (CIM-10), avec notamment des motifs de recours pour Assistant de Régulation Médicale (ARM).
Thésaurus Société Française de Médecine d'Urgence2013SFMU
fr
SNOMED Int

frLa SNOMED internationale est une nomenclature pluri-axiale couvrant tous les champs de la médecine et de la dentisterie humaines, ainsi que la médecine animale. Il s'agit d'un système de classification permettant de normaliser l'ensemble des termes médicaux utilisés par les praticiens de santé. La SNOMED a pour fonction d'attribuer un code à chaque concept permettant un grand nombre de combinaisons entre eux. Elle comprend également une liste des diagnostics interfacée avec la CIM-10. La SNOMED permet ainsi de stocker des informations médicales individuelles dans des entrepôts de données afin d'établir des outils d'analyse décisionnelle, de faciliter des décisions thérapeutiques, de contribuer aux études épidémiologiques et à l'enseignement. L'utilisation de SNOMED garantit l'universalité du vocabulaire médical.
Systematized Nomenclature of MEDicine3.5 (international)ASIP Santé
fren
TMR

frL'objectif de ce thésaurus est de mettre à disposition de futurs auteurs d'articles les mots-clés les plus pertinents concernant les activités du secteur de l'imagerie médicale. Aider les étudiants et les manipulateurs d'électroradiologie médicale (MERM) à utiliser un vocabulaire actualisé pour leur production écrite et leur recherche est une des ambitions du Collège scientifique et des différentes commissions de l'AFPPE (*).
Il s'agit de recueillir les synonymes, identifier les acronymes, rechercher les termes académiques et élaborer une arborescence logique, intégrant tous les aspects de la profession. Certaines parties doivent encore être améliorées mais a priori, l'ensemble des spécialités de notre profession ont été explorées. Le service de documentation médicale du CHU de Rouen nous permet de l'intégrer dans la base de données HeTOP et nous les en remercions.
La plupart des articles de la revue "Le manipulateur d'imagerie médicale et de radiothérapie", revue professionnelle de l'AFPPE (*), sont dorénavant référencés sur LiSSa.
(*) Créée en 1948, l'Association française du personnel paramédical d'électroradiologie (AFPPE) regroupe et représente auprès des différents ministères et des instances représentatives, l'ensemble des personnels paramédicaux des secteurs publics et privés, qu'ils exercent leurs fonctions dans le domaine de l'imagerie médicale, de la radiothérapie, de la médecine nucléaire, de l'électrophysiologie ou de l'enseignement. Elle intègre les travaux européens de l'European Federation of Radiographer Societies (EFRS) et mondiaux de l'International Society of Radiographers and Radiological Technologists (ISRRT) : échanges, circulation des professionnels, formation dans les pays émergents...
Thésaurus Manipulateur Radiologie2020AFPPE
fr
UBERON

enUberon is an anatomical ontology that represents body parts, organs and tissues in a variety of animal species, with a focus on vertebrates. One of the main uses is translational science because Uberon has extensive coverage of structures shared between humans and other species.
UBERON2019UBERON
en
WHO-ART

frWHO-ART est une terminologie utilisée pour le codage et l'analyse des données de pharmacovigilance, développée par Uppsala Monitoring Centre, employée aussi bien par les pays membres de l'OMS que dans le monde entier par les compagnies pharmaceutiques et organismes de recherche clinique. Le système terminologique WHO-ART s'applique à coder les effets indésirables des médicaments et elle couvre la plupart des termes médicaux nécessaires dans ce domaine.
Adverse Reaction Terminology1997WHO
enfrptdees
ICPS

enThe purpose of the International Classification for Patient Safety (ICPS) is to enable categorization of patient safety information using standardized sets of concepts with agreed definitions, preferred terms and the relationships between them being based on an explicit domain ontology (e.g., patient safety). The ICPS is designed to be a genuine convergence of international perceptions of the main issues related to patient safety and to facilitate the description, comparison, measurement, monitoring, analysis and interpretation of information to improve patient care.
International Classification for Patient Safety1.1WHO
enslptfr
UCUM

enThe Unified Code for Units of Measure is a code system intended to include all units of measures being contemporarily used in international science, engineering, and business. The purpose is to facilitate unambiguous electronic communication of quantities together with their units.
The Unified Code for Units of Measure2.1 (nov. 2017)Regenstrief Institute, Inc. and The UCUM Organization, Indianapolis, IN, USA
enfr
UMLS SN

enUMLS (Unified Medical Language System) metathesaurus gathers concepts from many health terminologies. The UMLS semantic network provides a classification for all concepts included in UMLS.
UMLS (Semantic Network)12NLM, US NIH
enfr